સૌરાષ્ટ્ર યુનિવર્સીટી ગુજરાતમાં વહીવટને કારણે પ્રખ્યાત છે અનેક વિવાદો અને છબરડા હોવા છતાં પણ યુનિવર્સિટીના કર્મચારીઓ દ્વારા યોગ્ય કાર્ય કરવામાં આવતું નથી જેનાથી વિદ્યાર્થીઓને હાલાકી ભોગવવાનો વારો આવે છે. સૌરાષ્ટ્ર યુનિવર્સિટીના એક્સટર્નલ ડિપાર્ટમેન્ટનો વહીવટ ખુબ જ ખરાબ છે અને એક્સટર્નલ વિદ્યાર્થીઓને આ ખરાબ વહીવટને કારણે અનેક મુશ્કેલીઓનો સામનો કરવો પડે છે.
સૌરાષ્ટ્ર યુનિવર્સિટીના એક્સટર્નલ ડિપાર્ટમેન્ટ દ્વારા ક્યારે પરીક્ષાના ફોર્મ ભરાય છે તેની તારીખની માહિતી પ્રસિદ્ધ કરવામાં આવતી નથી. વિદ્યાર્થીને પરીક્ષાના ફોર્મ ભરાય છે તેના માટે જાણ કરવામાં આવતી નથી. પરીક્ષા લેવાની તારીખના પણ કોઈ ચોકકસ મેસેજ આવતા નથી અને જે વિદ્યાર્થી દ્વારા ઓનલાઇન ફી ભરી હોય તેના પૈસા કપાય જાય છે પરંતુ ફી ની પહોંચ ઓનલાઇન નીકળતી નથી.
એક્સટર્નલ ડિપાર્ટમેન્ટમાં જયારે વિદ્યાર્થી કોઈ માહિતી લેવા જાય છે ત્યારે વિદ્યાર્થીને ખરાબ વર્તન કરીને જવાબ આપી દેવામાં આવે છે. ગેરવર્તણૂકથી દૂર દૂરથી આવેલા વિદ્યાર્થીઓ કોઈને ફરિયાદ પણ કરી શકતા નથી. સૌરાષ્ટ્ર યુનિવર્સિટીનો એક્સટર્નલ ડિપાર્ટમેન્ટમાં જયારે કોઈ માહિતી પૂછવા ફોન લગાડવામાં આવે ત્યારે ફોન લાગતો નથી અને જયારે ફોન લાગે ત્યારે કોઈ ફોન ઉપાડતા જ નથી.
સૌરાષ્ટ્ર યુનિવર્સિટીના આ એક્સટર્નલ ડિપાર્ટમેન્ટમાં ઘણા બધા વિદ્યાર્થીઓ પરીક્ષા આપે છે પરંતુ યુનિવર્સિટીના આડેધળ વહીવટના કારણે વિદ્યાર્થીઓનો સમય અને પૈસાનું પાણી થાય છે.